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微生物处理废水的机理就是通过微生物的新陈代谢活动,把垃圾中的有机物质降解转化为稳定的、无害的物质,从而达到净化垃圾的方法。根据微生物新陈代谢过程中是否有氧的参与,垃圾的微生物净化方法分为好氧净化和厌氧净化。

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（1）、微生物在好氧净化有氧的条件下,好氧微生物通过自身的分解、合成代谢,把垃圾中的有机物矿物化的过程。在这个过程中,微生物不仅自身得到了生长、繁殖。垃圾也得到净化。垃圾微生物好氧净化法就是模拟这个原理来净化垃圾的。此外,还要满足微生物生命活动zui适宜的温度(15-30℃)和ph值(6.5-8.5)等。生物菌剂:这种处理法的实质是使细菌等微生物和原生动物、后生动物等附着在滤料或载体上生长繁育,并在其上形成膜状生物---生物膜。微生物将废水中的污染物主要通过悬浮于垃圾中的有机菌藻共生作用、垃圾在微生物代谢活动进行降解,微生物对垃圾中的细菌可将废气有机物分解变成二氧化碳、硝酸根等无机物,有机物则可通过厌氧菌分解成甲烷、硫化氢等被藻类利用,从而使垃圾得到无臭味。

（2）、复合菌中某些菌种对重金属化合物有很强的耐受性，能还原重金属化合物为单体金属，从而去除垃圾中的重金属。复合菌对难降解的有机物，对广泛存在于化工、医药、和焦化废水中的含氮杂环化合物如咪唑等，有很好的降解能力。

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